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Table 5 Consensus deletion RCNAs in six studies

From: Copy number alterations detected by whole-exome and whole-genome sequencing of esophageal adenocarcinoma

Cytoband

Boundary (Mb)

D

F

P

B

Z

O

1p36.11

chr1:23.90-28.00

Y

  

Y

Y

Y

1p35.3

chr1:28.00-30.20

Y

  

Y

 

Y

1p35.2

chr1:30.20-32.40

Y

  

Y

 

Y

1q44

chr1:243.70-249.25

Y

Y

  

Y

 

2q22.1

chr2:136.80-142.20

   

Y

Y

Y

2q22.2

chr2:142.20-144.10

   

Y

Y

Y

2q33.3

chr2:204.90-209.00

Y

  

Y

Y

 

3p14.2

chr3:58.60-63.70

Y

Y

 

Y

Y

Y

4q22.1

chr4:88.00-93.70

Y

Y

  

Y

Y

4q34.1

chr4:171.90-176.30

   

Y

Y

Y

4q34.2

chr4:176.30-177.50

   

Y

Y

Y

4q34.3

chr4:177.50-183.20

Y

  

Y

Y

Y

4q35.1

chr4:183.20-187.10

Y

  

Y

Y

Y

5q11.2

chr5:50.70-58.90

Y

Y

Y

Y

Y

Y

5q12.1

chr5:58.90-62.90

Y

Y

Y

Y

Y

Y

6p25.3

chr6:0.00-2.30

Y

Y

  

Y

Y

6p25.2

chr6:2.30-4.20

Y

Y

   

Y

6q26

chr6:161.00-164.50

Y

  

Y

Y

Y

7q31.1

chr7:107.40-114.60

   

Y

Y

Y

7q31.32

chr7:121.10-123.80

Y

  

Y

 

Y

7q31.33

chr7:123.80-127.10

Y

  

Y

 

Y

7q32.1

chr7:127.10-129.20

Y

  

Y

 

Y

7q34

chr7:138.20-143.10

Y

  

Y

 

Y

7q36.3

chr7:155.10-159.14

Y

  

Y

Y

 

8p23.3

chr8:0.00-2.20

Y

 

Y

Y

Y

Y

8p23.2

chr8:2.20-6.20

   

Y

Y

Y

8p23.1

chr8:6.20-12.70

   

Y

Y

Y

9p24.1

chr9:4.60-9.00

Y

Y

Y

 

Y

Y

9p23

chr9:9.00-14.20

Y

Y

Y

 

Y

Y

9p21.3

chr9:19.90-25.60

Y

Y

Y

Y

Y

Y

11q24.2

chr11:123.90-127.80

Y

  

Y

 

Y

11q24.3

chr11:127.80-130.80

Y

  

Y

Y

Y

11q25

chr11:130.80-135.01

Y

  

Y

Y

Y

16q23.1

chr16:74.10-79.20

Y

Y

Y

 

Y

Y

16q23.2

chr16:79.20-81.70

Y

Y

  

Y

Y

17p11.2

chr17:16.00-22.20

  

Y

 

Y

Y

18q12.2

chr18:32.70-37.20

  

Y

 

Y

Y

18q12.3

chr18:37.20-43.50

  

Y

 

Y

Y

18q21.2

chr18:48.20-53.80

Y

Y

Y

 

Y

Y

18q21.33

chr18:59.00-61.60

  

Y

Y

Y

 

18q22.1

chr18:61.60-66.80

  

Y

Y

Y

 

18q22.2

chr18:66.80-68.70

  

Y

Y

Y

Y

18q22.3

chr18:68.70-73.10

  

Y

Y

Y

Y

18q23

chr18:73.10-78.077

  

Y

Y

Y

Y

20p12.1

chr20:12.10-17.90

Y

Y

  

Y

Y

21q11.2

chr21:14.30-16.40

Y

 

Y

 

Y

Y

21q21.1

chr21:16.40-24.00

  

Y

 

Y

Y

21q21.2

chr21:24.00-26.80

  

Y

 

Y

Y

21q22.12

chr21:35.80-37.80

Y

Y

Y

 

Y

 

Xp21.2

chrX:29.30-31.50

 

Y

  

Y

Y

Xp21.1

chrX:31.50-37.60

 

Y

  

Y

Y

  1. These regions are those that appear in at least three studies