Haplotype structure and linkage disequilibrium in chemokine and chemokine receptor genes

Table 4 Haplotype frequencies of six single nucleotide polymorphisms in the 17q12 chemokine gene cluster in 11 population samples

No.	Haplotype	Mende	Temne	Afr-Amer	Euro-Amer	Hispanic	Mixteca	Mixe	Zapotec	Chinese	Indonesian	PNG	Global freq
1	111111	0.02	0.03	0.12	0.46	0.41	0.47	0.36	0.29	0.26	0.30	0.11	0.2570
2	211111	0.49	0.51	0.35	0.11	0.07	0.14	0.03	0.09	0.22	0.18	0.05	0.2034
3	111122			0.03	0.21	0.12	0.21	0.20	0.23	0.11	0.18	0.04	0.1217
4	222111		0.01	0.01	0.02	0.14	0.09	0.16	0.02		0.09	0.54	0.0976
5	122111			0.04	0.05	0.08	0.09	0.06	0.32	0.08	0.05	0.03	0.0709
6	221211	0.21	0.23	0.16	0.03						0.02	0.02	0.0607
7	211122				0.03	0.05				0.15	0.09	0.03	0.0323
8	111121				0.06	0.05		0.14	0.02	0.08			0.0318
9	211112	0.07	0.07	0.06							0.01		0.0191
10	221212	0.07	0.05	0.07							0.01	0.01	0.0199
11	121211	0.02	0.02	0.03		0.04						0.07	0.0163
12	111112			0.03	0.02	0.02			0.01	0.06		0.01	0.0143
13	221111	0.06	0.03	0.08									0.0154
14	221222		0.01								0.03	0.06	0.0085
15	121212			0.01		0.02				0.03			0.0056
	222112	0.02	0.01										0.0034
	211121	0.02		0.01			0.01				0.01		0.0045
	221112	0.02											0.0017
	222122							0.03					0.0029
A	121112		0.02										0.0015
	122122								0.02			0.01	0.0025
	122112										0.02		0.0020
	Hap. Diversity	0.70 ± 0.029	0.68 ± 0.029	0.81 ± 0.019	0.71 ± 0.023	0.80 ± 0.042	0.71 ± 0.031	0.78 ± 0.029	0.76 ± 0.021	0.84 ± 0.023	0.84 ± 0.022	0.67 ± 0.054

Only those estimated haplotypes above 2 per cent in any one population are listed. The inferred ancestral haplotype is denoted by the box.
Abbreviations: Afr-Amer = African-Americans; Euro-Amer = European-Americans; PNG = Papua New Guineans.

ISSN: 1479-7364