Skip to main content

Table 1 Variants segregating with the clinical phenotype in patient MA80

From: Mutations in ATP13A2 (PARK9) are associated with an amyotrophic lateral sclerosis-like phenotype, implicating this locus in further phenotypic expansion

Gene

Chromosomal position

Reference Allele

Alternate allele

Amino acid change

rs ID

Minor allele frequency (MAF)

MA80 zygosity

Unaffected sibling zygosity

OMIM disease association

De novo

 EPS8

12:15784472

C

A

p.Val650Phe

n/a

0%

Het

Hom ref

n/a

Autosomal recessive: homozygous

 ATP13A2

1:17318989

G

A

p.Gln613Ter

n/a

0%

Hom

Het

#606693

 PAH

12:103249093

C

A

p.Gly176Val

rs74486803

0.015%

Hom

Het

#261600

 PRDM2

1:14106485

G

A

p.Arg732Lys

n/a

0%

Hom

Het

n/a

 LUZP1

1:23420658

C

T

p.Ala33Thr

n/a

0%

Hom

Het

n/a

 TRIM63

1:26385068

G

A

p.Thr215Met

n/a

0%

Hom

Het

n/a

 AHDC1

1:27877284

A

G

p.Val448Ala

n/a

0%

Hom

Het

n/a

 ZC3H12D

6:149772097

G

C

p.Pro436Ala

rs367621958

0.17%

Hom

Het

n/a

 ZC3H12D

6:149772499

G

C

p.Gly302Ser

n/a

0%

Hom

Het

n/a

 GALNT4

12:89919749

G

A

p.Pro62Ser

n/a

0%

Hom

Het

n/a

 HOMEZ

14:23755161

T

G

p.Met1Leu

n/a

0%

Hom

Hom ref

n/a

 ATP10A

10:25962005

C

T

p.Val550Met

n/a

0%

Hom

Het

n/a

 CC2D1B

1:52821892

G

A

p.His680Tyr

rs141717834

0.41%

Hom

Hom ref

n/a

 APHA2

1:16475050

C

T

p.Ala216Thr

rs143736427

0.02%

Hom

Het

n/a

 EIF4G3

1:21268143

T

C

p.Ile446Val

rs141254078

0.1%

Hom

Het

n/a

 HTR1D

1:23519593

G

A

p.Arg374Trp

rs147605856

0.06%

Hom

Het

n/a

 NUDC

1:27267996

C

G

p.Arg70Gly

rs140994074

0.02%

Hom

Het

n/a

 PPIL4

6:149862510

T

C

p.Ile66Val

rs115372734

0.38%

Hom

Het

n/a

 LRP11

6:150147424

C

T

p.Gly442Arg

rs9478144

0.68%

Hom

Het

n/a

 UBN2

7:138943330

G

C

p.Glu254Gln

Rs202078043

0.06%

Hom

Het

n/a

 LUC7L2

7:139102335

A

C

p.Glu284Asp

Rs118183173

0.6%

Hom

Het

n/a

 EPHB6

7:142562055

C

T

p.Ser166Phe

Rs192960264

0.14%

Hom

Het

n/a

 SSPO

7:149514822

A

T

p.Asn3792Tyr

Rs141999995

0.7%

Hom

Het

n/a

 FAM189A1

15:29421059

A

C

p.Ser312Arg

Rs200682124

0.18%

Hom

Het

n/a

 DUOX2

15:45403699

C

T

p.Gly200Arg

Rs2467827

0%

Hom

Het

n/a

 VSIG10L

19:51837487

C

T

p.Val793Ile

Rs147142812

0.18%

Hom

Het

n/a

 RDH13

19:55556574

G

C

p.Phe288Leu

Rs56125820

0.7%

Hom

Het

n/a

 RALY

20:32664865

–

CAG

p.Ala214insAlaSer

Rs10649600

0%

Hom

Het

n/a

Autosomal recessive: compound heterozygous

 TTF2

1:117635401

G

A

p.Glu952Lys

rs41306197

0.76%

Het

Hom ref

n/a

1:117635504

G

A

p.Gly986Asp

rs143131893

0.05%

Het

Hom ref

n/a

 DDX59

1:200619614

C

T

p.Arg418His

rs78882239

0.21%

Het

Hom ref

n/a

1:200635618

C

G

p.Ser84Thr

rs146060105

0.34%

Het

Hom ref

n/a

1:200635721

C

G

p.Ala50Pro

rs150913822

0.34%

Het

Hom ref

n/a

 BSN

3:49699108

G

A

p.Gly3277Glu

n/a

0%

Het

Hom ref

n/a

3:49700533

G

A

p.Gly3648Ser

n/a

0%

Het

Hom ref

n/a

 ADAMTS9

3:64526863

C

T

p.Arg1810His

rs149060903

0.04%

Het

Hom ref

n/a

3:64672566

G

C

p.Thr65Arg

rs192420947

0.01%

Het

Hom ref

n/a

 HECTD1

14:31602546

T

C

p.Met1274Val

n/a

0%

Het

Hom ref

n/a

14:31602838

G

C

p.Gln1208Glu

n/a

0%

Het

Hom ref

n/a

 PAPLN

14:73717654

G

A

p.Glu169Lys

n/a

0%

Het

Het

n/a

14:73729154

G

A

p.Arg754His

rs200118136

0.06%

Het

Hom ref

n/a

 LOC100653515

17:76888077

T

C

p.His170Arg

n/a

0%

Het

Het

n/a

17:76888155

C

T

p.Arg144Pro

n/a

0%

Het

Hom ref

n/a