Protein–protein interaction network-based integration of GWAS and functional data for blood pressure regulation analysis

Table 3 The prioritized BP-proteins according to their IVI in the GWAS-RbSP BP PPI network (Criterion 2)

Rank	Entry Name	Node Type	IVI	Rank	Entry Name	Node Type	IVI	Rank	Entry Name	Node Type	IVI
1	P53	BN	100.0	37	TRAF2	YN	21.9	73	HS90B	YN	14.5
2	UBC	YN	85.6	38	MK01	BN	20.5	74	1433G	YN	14.4
3	ESR1	BN	63.9	39	PML	YN	20.5	75	GSK3B	YN	14.4
4	EP300	YN	60.6	40	HDAC2	YN	20.5	76	TIF1B	YN	14.2
5	A4	YN	57.0	41	SMAD2	YN	20.2	77	KRA59	YN	14.2
6	EGFR	YN	52.9	42	HDAC5	YN	20.2	78	FBW1A	BN	13.8
7	AKT1	YN	47.8	43	ERBB2	YN	19.6	79	IKBA	BN	13.7
8	BRCA1	YN	45.4	44	STAT3	BN	19.4	80	TRI27	YN	13.7
9	CBP	YN	43.9	45	ARF	YN	19.4	81	TAU	BN	13.6
10	HS90A	YN	42.5	46	SQSTM	YN	19.0	82	PPARG	YN	13.6
11	MDM2	YN	41.2	47	HXA1	YN	18.7	83	DISC1	YN	13.2
12	TF65	BN	41.0	48	TLE5	YN	18.7	84	ACTB	YN	13.1
13	ANDR	YN	40.2	49	P85A	YN	18.6	85	LATS2	BN	13.1
14	1433Z	YN	36.7	50	HSP74	BN	18.5	86	SYUA	YN	13.1
15	MYC	YN	34.8	51	KR108	YN	18.2	87	HDAC6	YN	13.0
16	SRC	YN	34.2	52	1433 T	YN	18.0	88	TNR1A	YN	13.0
17	HIF1A	YN	34.1	53	CALM1	YN	18.0	89	NCOR2	BN	12.8
18	CTNB1	YN	34.1	54	CALM2	YN	18.0	90	KDM1A	BN	12.8
19	TRAF6	YN	31.7	55	CALM3	YN	18.0	91	UBE3A	YN	12.7
20	UBC9	BN	30.5	56	RAF1	BN	17.9	92	NEDD4	YN	12.5
21	SP1	YN	29.1	57	IKKB	YN	17.5	93	SIN3A	YN	12.5
22	UBB	YN	27.4	58	H31	YN	16.9	94	PTEN	BN	12.3
23	HSP7C	YN	27.0	59	KAT2B	YN	16.8	95	LNX1	YN	12.1
24	ABL1	YN	26.0	60	H31T	YN	16.6	96	XRCC6	BN	12.0
25	PARP1	YN	25.7	61	HDAC4	BN	16.5	97	LRRK2	YN	12.0
26	RL40	YN	25.0	62	NT2NA	YN	16.2	98	M3K3	YN	12.0
27	GRB2	YN	23.4	63	NPM	YN	16.1	99	UB2D1	YN	11.9
28	CHIP	YN	23.1	64	FYN	BN	15.9	100	DDB1	YN	11.8
29	GCR	YN	23.0	65	CUL1	YN	15.8	101	SCNM1	YN	11.7
30	JUN	YN	22.8	66	H4	BN	15.6	102	UB2D2	YN	11.6
31	SMAD3	BN	22.6	67	CDN1A	BN	15.5	103	SUMO1	YN	11.6
32	CSK21	YN	22.3	68	CDK1	YN	15.4	104	TERA	YN	11.5
33	NEMO	YN	22.3	69	RB	YN	15.3	105	PCNA	YN	11.5
34	RS27A	YN	22.3	70	1433E	YN	15.2	106	ATL4	YN	11.5
35	SMCA4	YN	22.0	71	KAT5	BN	14.7
36	CRTP1	YN	21.9	72	H2AX	YN	14.7

The Protein Entry Name by UniProt is shown without the _HUMAN extension; BN: “Βlue Node” denotes a BP GWAS-protein among those connected in one large PPI component; GN: “Green Node” denotes any other BP GWAS-protein of the human protein interactome, and YN: “Yellow Node” denotes a shortest-path intermediate between GNs and BNs
ESR1 is shown in bold as the only protein in this set that was also GWAS-prioritized (Table 2)

ISSN: 1479-7364