Protein–protein interaction network-based integration of GWAS and functional data for blood pressure regulation analysis

Tsare, Evridiki-Pandora G.; Klapa, Maria I.; Moschonas, Nicholas K.

doi:10.1186/s40246-023-00565-6

Human Genomics

Table 4 The IVI-ranked proteins in the network of the GWAS-prioritized and their common YNs (Criterion 3)

From: Protein–protein interaction network-based integration of GWAS and functional data for blood pressure regulation analysis

Rank	Entry Name	Node Type	IVI	Rank	Entry Name	Node Type	IVI	Rank	Entry Name	Node Type	IVI	Rank	Entry Name	Node Type	IVI	Rank	Entry Name	Node Type	IVI	Rank	Entry Name	Node Type	IVI
1	ESR1*	BN	100.0	44	SUMO2	YN	14.6	87	RACK1	YN	7.7	130	RASH	YN	5.2	173	SRSF2	YN	2.4	216	PHAR1	GN	1.3
2	AKT1	YN	77.0	45	HDAC2	YN	13.8	88	PTPRJ	YN	7.6	131	SH3G2	YN	5.1	174	CCN2	YN	2.3	217	PLCE1	GN	1.3
3	EGFR	YN	63.0	46	KIT	YN	13.1	89	E2F1	YN	7.5	132	APC	YN	5.0	175	MAPK2	YN	2.3	218	FGF5	GN	1.3
4	CTNB1	YN	51.0	47	MK03	YN	12.9	90	CHK2	YN	7.5	133	CADH2	YN	5.0	176	SKIL	YN	2.3	219	CO8A1	YN	1.2
5	UBC	YN	46.3	48	STK11	YN	12.8	91	DHX9	YN	7.5	134	LNX1	YN	5.0	177	HXC6	BN	2.2	220	CN119	YN	1.2
6	BRCA1	YN	42.2	49	ERBB3	YN	12.6	92	RPB1	YN	7.4	135	SH2B3	BN	4.7	178	ATX2	BN	2.2	221	CUX2	GN	1.2
7	GRB2	YN	39.0	50	XRCC5	YN	12.6	93	FOS	YN	7.3	136	PTPA	YN	4.6	179	PINX1	BN	2.2	222	SOX6	BN	1.2
8	A4	YN	37.3	51	LCK	YN	12.5	94	KPCB	YN	7.3	137	1433F	YN	4.6	180	ADRB1	GN	2.2	223	CAD13	BN	1.2
9	SRC	YN	35.3	52	IGF1R	YN	12.4	95	CSN5	YN	7.2	138	AT2B1	BN	4.3	181	AAPK2	YN	2.2	224	BBS2	YN	1.2
10	EP300	YN	33.7	53	TERA	YN	12.3	96	RARA	YN	7.1	139	H2B1H	YN	4.1	182	SWP70	GN	2.1	225	NAA25	GN	1.2
11	CBP	YN	33.1	54	H31	YN	11.9	97	SMUF1	YN	7.0	140	FES	BN	4.1	183	PKHA7	BN	2.1	226	CD209	YN	1.2
12	ERBB2	YN	31.5	55	PK3CA	YN	11.8	98	HD	YN	7.0	141	RAD51	YN	4.1	184	MYOME	YN	2.1	227	TPPC9	GN	1.2
13	ANDR	YN	29.5	56	CDK6	BN	11.8	99	ARRB1	YN	6.9	142	FINC	BN	4.1	185	MAGI1	YN	2.0	228	TPC2A	YN	1.2
14	HIF1A	YN	28.5	57	RB	YN	11.5	100	PAXI	YN	6.9	143	PAXI1	YN	4.0	186	PAX2	BN	1.9	229	ARVC	GN	1.2
15	1433Z	YN	27.6	58	CRKL	YN	11.4	101	FGFR2	YN	6.8	144	PRDM6	BN	3.5	187	ECHP	YN	1.9	230	FBN2	BN	1.1
16	SP1	YN	26.2	59	ITA4	YN	11.4	102	H11	YN	6.7	145	ENPL	YN	3.4	188	STX1A	YN	1.8	231	TULP3	YN	1.1
17	CSK21	YN	24.9	60	KHDR1	YN	11.4	103	CACO2	YN	6.6	146	SIAH1	YN	3.3	189	TRI63	YN	1.8	232	HACD3	YN	1.1
18	HS90A	YN	24.7	61	CSK	BN	11.0	104	PP2AA	YN	6.6	147	CP17A	GN	3.3	190	GCYA1	BN	1.8	233	CACB2	BN	1.1
19	TRAF6	YN	24.5	62	FGFR4	YN	10.9	105	HNRPU	YN	6.6	148	LRRK1	YN	3.2	191	CTNA3	BN	1.8	234	CCN3	BN	1.1
20	P85A	YN	23.2	63	FZR1	YN	10.8	106	NOS3	BN	6.5	149	ERBIN	YN	3.1	192	NMT1	BN	1.8	235	ERO1A	YN	1.1
21	PARP1	YN	22.8	64	H31T	YN	10.7	107	TSC1	YN	6.5	150	CBY1	YN	3.1	193	ARF1	YN	1.8	236	FURIN	BN	1.1
22	CHIP	YN	22.5	65	PP1G	YN	10.5	108	STA5A	YN	6.4	151	PDE1A	BN	3.0	194	5NTC	BN	1.7	237	ZFAT	GN	1.1
23	MYC	YN	22.0	66	CDC37	YN	10.4	109	ANM1	YN	6.3	152	VAC14	BN	3.0	195	BKRB2	YN	1.7	238	CAC1D	GN	1.0
24	INSR	BN	21.9	67	SH3K1	YN	10.4	110	HNRPC	YN	6.3	153	LASP1	YN	2.9	196	ULK4	GN	1.7	239	ANPRC	BN	1.0
25	PTN11	BN	21.5	68	HS90B	YN	10.4	111	HNF4A	YN	6.3	154	ARI5A	YN	2.9	197	MYH6	BN	1.6	240	CASZ1	BN	1.0
26	SMAD2	YN	21.5	69	AURKA	YN	10.0	112	CADH1	YN	6.1	155	DOT1L	BN	2.9	198	RASN	YN	1.6	241	ANGT	BN	1.0
27	NEMO	YN	21.2	70	1433E	YN	9.9	113	ACTN2	YN	6.1	156	CAZA1	BN	2.8	199	SDCG8	BN	1.6	242	FTO	BN	1.0
28	NPM	YN	20.9	71	EPHA2	YN	9.7	114	FKBP4	YN	6.0	157	FBX7	YN	2.8	200	MTMRD	BN	1.5	243	SCAM2	BN	1.0
29	UBB	YN	19.6	72	HGS	YN	9.5	115	TS101	YN	6.0	158	PFKAM	BN	2.7	201	CFDP1	BN	1.5	244	WNT2B	GN	1.0
30	ARF	YN	19.6	73	TIF1B	YN	9.5	116	ADRB2	YN	5.7	159	MTR1A	YN	2.7	202	GOSR2	BN	1.5	245	CLCN6	GN	1.0
31	RL40	YN	19.4	74	PCNA	YN	9.2	117	LMNA	YN	5.7	160	HFE	GN	2.7	203	KLK6	YN	1.5	246	AB17C	GN	1.0
32	HSP7C	YN	19.2	75	FGFR1	YN	9.0	118	TERF1	YN	5.7	161	CC120	YN	2.7	204	LSP1	GN	1.5	247	COX14	GN	1.0
33	RS27A	YN	19.0	76	IKKE	YN	9.0	119	EZH2	YN	5.6	162	PO6F2	YN	2.7	205	COE1	BN	1.5	248	COE2	BN	1.0
34	CALM1	YN	18.6	77	PP1A	YN	8.9	120	TNIK	YN	5.6	163	SH3G3	YN	2.7	206	MBD5	GN	1.4	249	LMA1L	GN	1.0
35	CALM2	YN	18.6	78	ARRB2	YN	8.9	121	KAPCA	YN	5.6	164	SOX10	YN	2.6	207	RHG24	GN	1.4	250	UT2	GN	1.0
36	CALM3	YN	18.6	79	DISC1	YN	8.8	122	DDT4L	YN	5.5	165	PPIB	YN	2.6	208	PDGFA	YN	1.4	251	MSRA	BN	1.0
37	PLCG1	YN	17.8	80	HSPB1	YN	8.8	123	1433B	YN	5.5	166	KSR1	YN	2.5	209	ANF	BN	1.4	252	RGL3	GN	1.0
38	JUN	YN	17.7	81	FHL2	YN	8.7	124	NOS1	YN	5.4	167	KCNK3	GN	2.5	210	CE164	BN	1.4	253	PDILT	GN	1.0
39	ACTB	YN	16.9	82	FLNA	YN	8.7	125	H33	YN	5.4	168	SYVC	BN	2.5	211	ZN318	GN	1.4
40	PGFRA	YN	15.6	83	LYN	YN	8.6	126	ANM5	YN	5.4	169	CCHCR	YN	2.5	212	EXOS5	YN	1.3
41	1433T	YN	15.3	84	NUCL	YN	8.5	127	CDK7	YN	5.4	170	MECOM	BN	2.4	213	ANK2	BN	1.3
42	PTN6	YN	14.7	85	IRS1	YN	8.1	128	CBX8	YN	5.2	171	HXC4	BN	2.4	214	TNNT3	GN	1.3
43	TNR1A	YN	14.7	86	SNAI1	YN	8.0	129	H12	YN	5.2	172	THOC4	YN	2.4	215	RL7A	YN	1.3

BN, GN, YN are used as explained in the notes of Table 3; The Protein Entry Name by UniProt is shown without the _HUMAN extension
Proteins shown in bold are also IVI-prioritized in the GWAS RbSP PPI Network; (*) ESR1 is the only protein prioritized by all three criteria (Tables 2 and 3)

Back to article page

ISSN: 1479-7364

Contact us

General enquiries: journalsubmissions@springernature.com