Skip to main content

Table 7 The expected accuracy results of the missense mutations of epidermal keratins in mild psoriasis predicted as deleterious in PredictSNP and integrated tool

From: Mutational analysis of epidermal and hyperproliferative type I keratins in mild and moderate psoriasis vulgaris patients: a possible role in the pathogenesis of psoriasis along with disease severity

Gene

CDS mutation

AA mutation

Predict SNP

MAPP

PhD-SNP

PolyPhen-1

PolyPhen-2

SIFT

SNAP

PANTHER

Prediction

Accuracy

Prediction

Accuracy

Prediction

Accuracy

Prediction

Accuracy

Prediction

Accuracy

Prediction

Accuracy

Prediction

Accuracy

Prediction

Accuracy

K14

c.372C > A

p.D124E

DEL

0.55

DEL

0.59

DEL

0.68

NEU

0.67

DEL

0.59

DEL

0.53

NEU

0.67

DEL

0.69

c.414G > C

p.E138D

NEU

0.65

NEU

0.64

DEL

0.59

NEU

0.67

NEU

0.72

DEL

0.43

NEU

0.71

DEL

0.66

c.467C > T

p.P156L

NEU

0.60

DEL

0.48

NEU

0.66

NEU

0.67

DEL

0.40

DEL

0.53

NEU

0.58

DEL

0.67

c.479A > T

p.K160I

DEL

0.55

DEL

0.41

NEU

0.66

DEL

0.74

NEU

0.61

DEL

0.45

DEL

0.62

DEL

0.57

c.659G > T

p.G220V

DEL

0.51

NEU

0.73

NEU

0.45

DEL

0.74

DEL

0.65

DEL

0.79

NEU

0.55

DEL

0.74

c.896G > C

p.R299P

DEL

0.87

DEL

0.75

DEL

0.88

DEL

0.59

DEL

0.50

DEL

0.53

DEL

0.72

DEL

0.74

c.944G > C

p.R315P

DEL

0.76

DEL

0.62

DEL

0.82

DEL

0.59

DEL

0.50

DEL

0.79

NEU

0.50

DEL

0.70

c.1237G > A

p.A413T

NEU

0.65

DEL

0.62

NEU

0.51

NEU

0.67

DEL

0.40

NEU

0.67

NEU

0.71

NEU

0.47

c.1246C > T

p.R416C

DEL

0.61

DEL

0.57

DEL

0.88

DEL

0.59

DEL

0.50

NEU

0.71

NEU

0.55

DEL

0.78

K10

c.414T > A

p.D138E

NEU

0.83

NEU

0.77

NEU

0.66

0

0

0

0

NEU

0.81

NEU

0.83

NEU

0.67

c.428C > T

p.S143F

NEU

0.60

NEU

0.75

DEL

0.61

0

0

0

0

DEL

0.53

NEU

0.55

DEL

0.74

c.502G > C

p.E168Q

DEL

0.76

DEL

0.59

DEL

0.86

DEL

0.59

DEL

0.63

DEL

0.53

NEU

0.50

DEL

0.74

c.679G > T

p.A227S

DEL

0.52

DEL

0.41

DEL

0.77

NEU

0.67

DEL

0.50

DEL

0.46

NEU

0.71

DEL

0.57

c.715G > C

p.E239Q

DEL

0.76

DEL

0.48

DEL

0.68

DEL

0.59

DEL

0.63

DEL

0.79

NEU

0.55

DEL

0.74

c.730C > G

p.L244V

DEL

0.55

DEL

0.59

DEL

0.68

NEU

0.67

DEL

0.50

DEL

0.53

NEU

0.71

DEL

0.66

c.770G > T

p.R257M

DEL

0.76

DEL

0.51

DEL

0.73

DEL

0.74

DEL

0.54

DEL

0.79

NEU

0.58

DEL

0.74

  1. DEL deleterious, NEU neutral